Thiết kế của lá cờ châu Âu đã được sử dụng trong một biến thể, chẳng hạn như của Hội đồng châu Âu đã đề cập ở trên, và cũng đến một mức độ lớn hơn như cờ của Liên minh Tây Âu (WEU; bây giờ không còn tồn tại), sử dụng cùng một màu sắc và các ngôi sao nhưng có một số ngôi sao dựa trên thành viên và trong một hình bán nguyệt hơn là một vòng tròn. Nó cũng bị xóa bỏ với chữ cái đầu của Liên minh Tây Âu cũ bằng hai thứ tiếng.

Quốc kỳ Bosnia và Herzegovina, áp đặt bởi Đại diện cấp cao Carlos Westendorp, sau khi quốc hội của nước này thất bại trong việc thỏa thuận về thiết kế, gợi nhớ đến biểu tượng của lá cờ EU, bằng cách sử dụng màu xanh và màu vàng giống nhau, và các ngôi sao, mặc dù một khác nhau về số lượng và màu sắc, là một tham chiếu trực tiếp đến những người của lá cờ châu Âu.

Tương tự như vậy, Kosovo sử dụng màu xanh, vàng và các ngôi sao trong lá cờ của nó, đã được chế giễu là "một cái đầu không quá tinh tế với lá cờ của Liên minh châu Âu, sắp trở thành người bạn thân nhất của Kosovo khi nó chiếm lấy tình trạng bảo vệ từ Hoa Kỳ Quốc gia".

Màu xanh và vàng của lá cờ Brussels là của Liên minh châu Âu, trong đó Brussels là thành phố thủ đô thực tế. Các lá cờ của khu vực Brussels-Capital (giới thiệu vào năm 2016) bao gồm một mống mắt màu vàng với một phác thảo màu trắng trên nền màu xanh. Màu sắc của nó dựa trên màu sắc của Cờ châu Âu, bởi vì Brussels được coi là thủ đô không chính thức của EU.